O Instituto Pasteur tem como missão:

"Contribuir para a Vigilância em Saúde por meio de vigilância epidemiológica, controle de risco e programas de capacitação e desenvolvimento relativos à raiva e outras encefalites virais, abrangendo atividades laboratoriais, de pesquisa e inovação, a coordenação do programa estadual de controle da raiva, a profilaxia da raiva humana, e o suporte aos municípios".